Аполло подобрал чип просто так, от скуки. Ну лежал себе кусок памяти у безбилетника, которого они с Микару выловили на грузовом судне, вот и всё. Андроид с лицом обычного парня сунул находку в карман, даже не подумав, что это новейшая ОС под названием Cipher, умеющая прятать кого угодно и что угодно. А потом его начало вырубать из реальности. Отвечает невпопад, зависает на ровном месте, будто кто-то чужой копается у него в голове. Микару смотрит на напарника и не понимает: вроде та же оболочка, а внутри что-то переключилось. Девчонка сама человек, но повадки у неё такие, что роботы нервно курят в сторонке, так что странности она чует.

Вот тут и начинается самое интересное. Эта парочка берётся распутывать, что за шифр им подкинули, и упирается в историю, которая старше их обоих. Секрет растянулся через прошлое, настоящее и будущее Абеля, планеты, где люди и машины давно перемешались так, что уже не разберёшь, кто есть кто. И чем глубже копают Аполло с Микару, тем отчётливее понимают: разгадка Cipher имеет к ним самим самое прямое отношение. Только вот кто запустил эту программу и почему выбрал именно их?